Genome Research:单细胞组学与疾病研究中心郑小琪团队开发空间转录组数据空间域识别的集成分析框架
上海交通大学郑小琪团队在《Genome Research》上发表研究,开发了针对空间转录组数据的集成聚类框架STCC(Spatial Transcriptomics Consensus Clustering),显著提升了空间域检测的性能。随着空间转录组技术的发展,研究人员能够获取细胞的空间位置和基因表达谱信息,但现有的空间域检测算法在不同数据集和测序平台间表现不稳定。STCC通过构建超图矩阵或共识矩阵,整合多种基线聚类算法的结果,提升空间域识别的鲁棒性和准确性。该框架实现了四种集成策略,包括两种朴素策略(独热编码集成和平均集成)和两种高级策略(超图集成和加权非负矩阵分解集成)。研究在七个真实数据集上验证了STCC的卓越整合能力和广泛的适应性。