基因测序,指通过测序设备对DNA的碱基排列顺序进行测定,来解读DNA的遗传密码,为生命科学研究、临床诊断与治疗等提供指导的过程。具体而言,解读遗传密码基因序列,能够发现和解释大量与人类的疾病、健康相关和关键信息,并辅助临床诊断、药物研发、病理科研等应用。
正因其前沿性和广阔的临床应用属性,基因测序技术得以快速推广迭代,在极短时间内形成了以基因测序仪及其耗材为上游、测序与数据服务为中游、科研与临床场景应用为下游的长链产业体系。
经过多年的市场培养与应用开发,基因测序的临床价值逐步明确,需求快速增长。但长期以来,高成本一直阻碍着高通量测序的进一步推广应用。2022年,资金大笔涌入国产基因测序仪赛道,高通量测序也迎来了小型化、低成本的可能。
在美国,基因测序仪企业Ultima Genomics横空出世,将全基因组测序成本从1000美元降低至100美元。在国内,铭毅智造推出历时4年打造的单色荧光高通量基因测序仪,同样以小型化、低成本解决高通量基因测序仪开机难、开机贵的问题。
近日,铭毅智造自主研发的实时荧光定量PCR仪MQ96-X4获得CE-IVDR认证,取得欧盟市场准入资格。首款基因测序仪UniSeq2000™也已成功亮相2023AACR会议,正式启动国际市场推广。
拥有自主创新与国际知识产权组合,国产基因测序仪如何追赶上国际步伐?下一步又将如何推广至本地化?为此动脉网采访了铭毅智造的总裁助理兼营销总监陈斌博士。
铭毅智造于2018年成立于深圳,由基因测序领域著名科学家、美国哥伦比亚大学基因技术中心主任 Jingyue Ju教授与伍建博士等人联合创立,是一家专业从事基因测序分析平台及相关技术研发,转化,制造及应用的科技公司。
创始人、首席科学官Jingyue Ju教授
作为2020年度全球Top20转化研究者,Jingyue Ju教授长期深耕基因测序领域,开发过四色Sanger荧光能量转移一代测序、单分子纳米孔边合成边二代测序技术等。其专利技术已经实现产业化,授权给Intelligent Biosystems(已被Qiagen收购), Singular Genomics (2021年5月已在NASDAQ上市)等。他与哈佛大学Gorge Church教授创立的公司Genia已被罗氏4.5亿美金收购。
董事长伍建博士
董事长伍建博士拥有18年的基因检测技术及应用开发经验,同时是北京迈基诺基因科技公司董事长和首席科学家。迈基诺专注于遗传病分子诊断领域,提供从研发、生产到销售的高通量基因测序综合解决方案,也是铭毅智造的下游客户之一。
基于团队分布,铭毅智造形成了“美国哥伦比亚大学-深圳研发基地-北京研发基地-重庆生产基地”的全球布局。深圳研发基地主要设置核酸合成、测序芯片和光学设计团队。酶工程、样本处理、系统集成等程序集中在北京。测序原料、测序试剂盒生产、测序仪整机装配则布局在重庆的生产基地总部。
目前,铭毅智造已建立起万级芯片生产车间、酶工程实验室、化学合成实验室、系统集成组装和测试研发实验室,搭建全平台自主研发、生产场地。
目前,铭毅智造已申请及授权30余项发明专利,此外还有6项PCT国际专利申请、5项哥大授权专利。其中包括高反应效率的变异聚合酶、精准长读NGS测序系统、单色NGS测序系统、单分子光学测序系统、单分子纳米孔电子测序系统等。
2022年5月,铭毅智造发布单色荧光高通量基因测序仪UniSeq2000™。这是一款自主创新、拥有独立知识产权的高通量基因测序仪,实现了测序仪相关硬件、软件、试剂、耗材的完全国产化。
Uniseq2000TM
首款单色荧光高通量基因测序平台Uniseq2000TM的测序原理来自专利《基于环境敏感染料的单色荧光MRT基因测序试剂及方法》。这份新专利公开于2022年3月公开,本质是对Ju教授开发的SBS测序法的进一步优化。
简单来说,就是基于环境敏感染料或PH敏感染料的单色测序化学体系,采用单色荧光测序方法,使用一对“同色”荧光分子, 但其中一个荧光信号可随简单的条件改变发生显著变化, 由此实现不同碱基的单色检测。
单色测序化学体系原理
单色荧光系统测序法着重解决了高成本的问题。陈斌博士介绍,“过去的测序平台搭建成本很高,核心在于测试原理上,昂贵的光学系统越多,运动控制复杂,整机价格就越贵。因此Uniseq2000TM简化检测手段,单色荧光技术只需要采用一套光学系统,单台测序仪价格明显下降。”
同时,单色荧光测序系统只需要单色荧光标记的试剂盒,降低单次开机的耗材成本。且Uniseq2000TM采用一站式操作,文库直接上机,可全自动完成芯片制备、样本测序和数据处理存储,无需值守,上手时间更快,解决小型检测机构及医院缺乏专业操作人员的问题,适配临床本地化应用。
Uniseq2000TM自动化工作流程
为了更好实现本地化落地,Uniseq2000TM采取了机器小型化、桌面化的策略,设计成为中小体量。具体而言,Uniseq2000TM拥有四档通量,分别为10M、20M、40M和80M Reads,可实现10小时至28小时的检测时长。根据样本量和应用需求,仅需“点击”就可实现智能切换。
针对Uniseq2000TM的落地,铭毅智造开放了两种商业模式,一类是直接销售,另一类为投放合作,即机器仍然归属铭毅智造所有,与医院、实验室建立合作,共同打造区域及市县级中心。此外,基于国际专利+CE准入的组合,铭毅智造已在积极孵化海外营销渠道,放眼全球市场。
陈斌博士强调,“铭毅智造所确定的基因检测本地化战略,不仅是小型化、桌面化的机器,还需要向终端客户提供综合解决方案,让测序仪真正用起来”。
目前,Uniseq2000TM已提供了病原体靶向测序、CNV-Seq遗传筛查等整体解决方案。灵活选择的测序通量和兼容Tru-seq建库接头让Uniseq2000TM得以探索更多的应用场景,包括与前端、后端客户合作开发肿瘤早筛、疾病监测等解决方案。
从战略布局而言,铭毅智造选择的本地化、下沉式策略顺应了高通量基因测序的低成本趋势。同时,本地化策略带来的用户增量将反哺铭毅智造,助力其探索更多应用场景下的整体解决方案,形成可持续的自生增长。
正如铭毅智造的愿景“做每一家医院每天都能开机的测序仪”。当低成本、桌面型、的NGS测序仪大量进入市县级医院,同时搭载多种整体解决方案,实现高通量基因检测的本地化,将更广泛地应用于一线临床。
在国产高通量基因测序仪领域,小型化、灵活、便捷正逐步成为大趋势。这要求国产基因测序仪企业同时具备造设备和造生态的双重能力。如何做出、做好差异化的应用场景和整体解决方案将是基因测序的下一站竞争目标。