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连续三年实现50%业务增长,云准医药如何打造单细胞与空间多组学联合分析方案?

李秋萩 2024-01-24 08:00

在生物学领域,空间信息至关重要,空间会影响细胞的表型、状态和功能。例如,人体内的一个细胞相对于周围其他细胞的位置决定了它能接收到什么信号。这些信号可能是细胞间相互作用、可溶的信使分子或是治疗分子。当人体内的细胞间相互作用受到破坏时,可能会引发疾病。因此,科研工作者在研究人体发育和疾病背后的生物机制时,需要仔细评估某个细胞的环境如何影响其功能或功能失调。

 

随着技术不断迭代、科学家们不断探索,能够提供组织和细胞之间空间关系信息的新技术——空间组学迎来井喷式发展。空间组学能够将分子机制与组织原位关联,观察到组织中不同区域细胞构成和原始基因表达,揭示组学信息的空间异质性,帮助解析细胞间的相互作用,使科研工作者进一步理解组织微环境和组织的生长。

 

2020年始,云准医药科技有限公司(后简称“云准医药”)开展科研服务,专注于单细胞多组学,空间多组学及组织定量病理、肿瘤微环境检测,已在上海和广州建立起实验基地及专业实验服务团队。

 

从单细胞多组学向空间多组学延伸,云准医药已成为10xGenomics和AKOYA的中国实验基地,并在去年8月取得了中国唯一的SomaLogic全球认证实验室称号。如何用国际前沿技术为中国科研赋能?如何做“精品化”的科研服务平台?动脉网采访到了云准医药首席执行官薛海华。


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云准医药首席执行官 薛海华


从复旦遗传学与遗传工程系毕业后,薛海华先后进入了Leica、Olympus、丹纳赫等知名外企。2016年,薛海华加入上海仁科生物科技有限公司(云准医药母公司)担任总经理,2020年出任云准医药CEO。


依托国际前沿单细胞平台,搭建精品化服务团队


“随着单细胞技术逐步普及,国内的科研服务内卷早已开始,用户可以很方便找到适合自己预算的服务供应商。云准医药希望为客户提供优质的服务和结果呈现,定位精品化的服务路线。”薛海华表示。

 

依托母公司仁科生物与10xGenomics的深度代理合作,云准医药于2020年首先建立起基于10xGenomics的科研服务平台与实验团队,提供单细胞转录组和空间转录组的服务。彼时,正是空间组学在国内科研初露头角。很快,空间组学由于能够深入理解生物体内复杂的细胞相互作用、信号通路、调控机制等关键问题的特性,在近两年被看作生命科学领域的下一个风口。

 

云准医药踩在了这个风口上。

 

薛海华提到,“云准选择服务产品的第一优先级在于技术领先、行业翘楚的供应商。同时,我们也会瞄准符合科研长期趋势、具有时代引领性的科研解决方案。”10xGenomics之后,云准医药又引进了Akoya空间蛋白组学平台、SomaLogic高通量蛋白质组学平台,逐步建立起单细胞与空间多组学的技术平台矩阵。

 

供应精品化方案的第二步,在于建立起专业度高的自有服务团队。薛海华介绍,云准医药的技术支持团队和实验服务团队均与10xGenomics、Akoya等技术团队直接学习与培训。经过三年实战,团队建立起丰富的技术支持和样品处理经验,并在现有平台基础上开发了自研、高稳定的样品处理手段。

 

在单细胞多组学领域,云准医学团队已解离过1000+组织;空间转录组学检测方面,团队已做过超2000例样本,在单细胞数据分析、空间转录组联合单细胞数据分析经验丰富。与此同时,云准医药建立起实验质检、数据质控、报告审核等多重质量控制,以严格标准保证数据报告出品。

 

此外,云准医药的基地建设也在不断扩大。2021年,云准医药在上海搭建了超500m2的独立实验室与培训基地,首先布局华东科研市场。2022年,云准医药走出华东,在广州建立独立实验室,面向全国科研用户提供解决方案。

 

而实现每年50%的业务增长,光有技术和团队还不够,更重要的是布局面向未来的蛋白质组学和联合分析方案。

 

搭建蛋白质组学与“联合实验分析”解决方案


“实际上,正是因为近几年积累下的客户基础、整体方案和团队经验,才能够不断吸引新的前沿技术平台布局云准。”薛海华提到,继布局转录组后,云准医药正在逐步扩大蛋白质组学布局。2023年8月取得了SomaLogic全球认证——此项认证实验室在全球范围内仅有8个,亚洲仅有3个,在中国更为唯一认证。

 

蛋白质组的信息对于明确机体复杂、相互关联的分子信号网络至关重要,这些分子信号网络直接控制细胞增殖、分化、衰老和凋亡等主要生命活动。尽管测序技术已经十分成熟,但 mRNA转录丰度仅提供细胞状态的间接测量,并不能可靠地预测蛋白质丰度差异。这些数据未能揭示PTMs的变化,包括磷酸化和蛋白质降解,也无法全面了解疾病机制。

 

因此,蛋白质组学检测技术的发展,对于揭示疾病背后的分子机制以寻找新的治疗靶点,发现用于诊断及疾病预后的新型生物标志物至关重要。SomaLogic采取了多种不同的方法来选择新的蛋白质靶点,并绘制成生物过程和各种疾病领域的蛋白质覆盖图,

 

作为全球领先的蛋白质组学领导者,SomaLogic目前拥有强大的蛋白质组学解决方案(11K)——能够在55微升样本里测量11000种蛋白质。这些蛋白覆盖了人类一半基因编码的蛋白质组(约2万种),能帮助研究人员通过构建广泛的互作网络来破译人类生物学。

 

“Somalogic平台在2023年刚刚进入中国。任何技术都需要从认识、熟悉到理解、应用的规律。我的理解是,云准医药可以对这类全球前沿技术的推广认知起到促进作用。”薛海华强调,“经过10年的推广,多组学概念已经被广泛接受。现有的问题是,研究者们不仅需要多组学概念下的分析模式,还需要更前沿组学方向的研究支持和联合分析。”

 

作为国内为数不多同时建立了转录组、蛋白质组学技术的科研服务公司,云准医药可以为客户提供基于不同平台的联合实验分析,实现多重相互验证。简而言之,云准医药可以为同一个样品进行多次验证,一站式实现多组学、全流程的整体性需求。


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单细胞与空间多组学解决方案(图源:云准医药)

 

以肿瘤免疫微环境为例,通过空间转录组和空间蛋白组的联合应用,可以观察组织样本内有关免疫微环境的空间信息,例如细胞位置和细胞间相互作用组、不同区域中细胞组成的差异、肿瘤免疫细胞相互作用组和肿瘤进展的相关性等等。

 

放眼国内,2023年或许是中国蛋白质组学开始腾飞的一年。5月,由贺福初院士和我国科学家领衔发起、面向全球范围的人体蛋白质组导航国际大科学计划(π-HuB计划)发布白皮书,并在广州成立国际总部——广东智慧医学国际研究院。7月,我国新版《人类遗传资源管理条例实施细则》开始施行,蛋白质数据不被包括在我国人类遗传资源信息中,拓宽了中国蛋白质组学与全球的合作边界。

 

新靶点发现、伴随诊断标志物开发、临床诊断新标志物开发、研发“难以成药”靶点共价药物……关于蛋白质组学的可能性正在涌现,而云准医药所代表的科研服务正是这一产业链条上最前端的服务供应商。

注:文中如果涉及企业数据,均由受访者向分析师提供并确认。
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李秋萩

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