一站式蛋白质结构预测平台，AlphaFold 等模型应有尽有

新药研发是一项漫长而艰巨的任务，通常需耗时10多年。在这一过程中，确定药物作用靶点和优化先导化合物是两大关键且费时的环节，直接影响新药研发进度。蛋白质结构信息对于新药研发至关重要，因为大多数药物靶点都是蛋白质分子。了解蛋白质的三维结构有助于理解其功能，预测与小分子化合物的相互作用，从而指导药物分子的设计和优化。近年来，人工智能算法 AlphaFold 等新技术的兴起，为新药研发带来曙光，有望缩短新药研发周期1-4年。然而，科研人员在使用 AlphaFold 等新技术时仍面临诸多挑战:

● 部署和执行过程繁琐且时间长

● 计算资源管理和扩展性有限

● 无法实现弹性扩展(单节点模式运行)

● 作业提交环境复杂，无法有效管理不同人员的访问权限

● 结果管理和异常处理缺乏高效方案

为解决这些挑战，亚马逊云科技推出了Protein Folding Workbench解决方案，旨在简化 AlphaFold 等模型在云上的使用和部署，加快新药研发进程，为科研人员提供高效、安全、可扩展的计算环境。

亚马逊云科技提供灵活的基础设施服务，涵盖800多种计算实例类型、丰富的存储和数据传输工具，以及高性能计算平台和应用构建层。帮助客户高效、安全地进行数据处理、应用构建和分析工作，提升运营效率和业务敏捷性。在此基础上，亚马逊云科技推出了一款名为 Protein Folding Workbench 的一站式云端解决方案，专注于预测蛋白质结构。该平台操作简单，无需专业知识即可一键部署，通过直观的 Web 界面实现端到端的蛋白质结构可视化，加快药物研发进程。除加速研发外，该解决方案还具备灵活的项目管理功能，多维度管控成本和用量，有助于更精细的费用控制。在安全方面，提供企业级用户权限管理，支持多种企业认证服务，并采用私有网络保护数据隐私，确保数据安全。

以下是 Protein Folding Workbench 平台的主要功能和优势：

用户可以通过引导式的作业创建向导，轻松完成新作业的提交；该平台支持单个或者批量序列文件导入，可以自定义标签管理，让作业整理更有条理；输入参数可以文件化上传，让操作更加灵活。此外，平台支持多种 GPU 类型，用户可根据需求选择；提供成本优化的 Spot 实例选择方案，可以最大限度节省开支。作业完成后，不仅可以在线查看 3D可视化结果，同时也支持结果下载方式，并可查看日志了解运行详情。

平台不仅内置了主流蛋白质结构预测算法，如 Alphafold、RoseTTAFold 和 ColabFold，同时支持用户自定义算法。用户可根据需求将模型算法打包成镜像导入平台运行，这一自定义算法功能赋予了用户更大的灵活性和自主权。平台还提供集中管理蛋白质序列文件功能，无需使用亚马逊云科技管理控制台，直接通过Protein Folding Workbench 控制台上传即可，既方便又高效。此外，方案还支持元数据标签功能，使得文件管理更有条理。

平台内置项目管理功能，用户可以方便地组建项目团队、分配计算资源，并对团队成员的访问权限进行精细化控制。同时，平台还支持灵活配置和第三方系统集成，让团队协作更加高效。无论是资源调配、权限管控，还是外部系统对接，这一项目管理功能都可以满足用户的各种需求，为高效协作保驾护航。

平台采用按需付费的模式，用户可根据所需算力灵活选择不同规格的实例。无论是短时间的小规模任务，还是大型长期项目，价格都相当实惠。以短序列的氨基酸为例，使用 V100 单卡，运行 46分钟仅需 18.59 元。而长序列的氨基酸，费用为 139.84 元，性价比极高。同时，平台还支持存算分离的方式，空闲时可提供接近零成本的方式运行。总之，这一定价策略让用户按需使用，既节省开支又获得强大算力支持，助力科研事半功倍。

某生物公司专注于抗体研发，需要对蛋白质的三维结构有深入的了解，以指导抗体的设计和开发。该公司采用亚马逊云科技的 Protein Folding Workbench 平台，大幅提升公司的抗体研发效率。通过平台提供的先进人工智能算法，能够准确高效地预测蛋白质的三维结构，为抗体设计提供关键数据支持。基于Protein Folding Workbench 平台，该公司可以更快锁定靶标蛋白的抗原表位，加速开发出高亲和力、高特异性的抗体产品。公司相关负责人表示，引入蛋白质结构预测平台将极大缩短抗体研发周期，降低研发成本，提高产品质量，进一步增强该公司在抗体领域的竞争优势。

某公司是一家专注于 AI 制药的生物技术初创企业，采用将机器学习、生物信息学和化学知识相结合的创新模式，为药物研发注入新的动力。该公司通过 Protein Folding Workbench 平台部署自主研发的人工智能和机器学习算法，能够精准预测蛋白质的三维结构。Protein Folding Workbench 平台加速了药物发现和开发进程，为靶点识别和分子设计提供了关键支持。值得一提的是，科学家无需学习相关背景知识即可使用该云平台获得可靠结果，而且可以跨部门协作，效率提高30%，并通过私有化部署保证数据安全和知识产权保护。