Nature：TWEAK/Fn14信号驱动的超增强子重编程促进癌症三阴性乳腺癌前代谢重组-动脉网

Nature：TWEAK/Fn14 signalling driven super-enhancer reprogramming promotes pro-metastatic metabolic rewiring in triple-negative breast cancer

Nature 等信源发布 2024-07-05 09:53



可切换为仅中文







AbstractTriple Negative Breast Cancer (TNBC) is the most aggressive breast cancer subtype suffering from limited targeted treatment options. Following recent reports correlating Fibroblast growth factor-inducible 14 (Fn14) receptor overexpression in Estrogen Receptor (ER)-negative breast cancers with metastatic events, we show that Fn14 is specifically overexpressed in TNBC patients and associated with poor survival.

摘要三阴性乳腺癌（TNBC）是最具侵袭性的乳腺癌亚型，其靶向治疗选择有限。根据最近的报道，雌激素受体（ER）阴性乳腺癌中成纤维细胞生长因子诱导型14（Fn14）受体的过度表达与转移事件相关，我们发现Fn14在TNBC患者中特异性过表达，并与生存率低有关。

We demonstrate that constitutive Fn14 signalling rewires the transcriptomic and epigenomic landscape of TNBC, leading to enhanced tumour growth and metastasis. We further illustrate that such mechanisms activate TNBC-specific super enhancers (SE) to drive the transcriptional activation of cancer dependency genes via chromatin looping.

我们证明组成型Fn14信号重新连接TNBC的转录组和表观基因组景观，导致肿瘤生长和转移增强。我们进一步说明，这种机制激活TNBC特异性超增强子（SE），通过染色质环驱动癌症依赖性基因的转录激活。

In particular, we uncover the SE-driven upregulation of Nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT), which promotes NAD+ and ATP metabolic reprogramming critical for filopodia formation and metastasis. Collectively, our study details the complex mechanistic link between TWEAK/Fn14 signalling and TNBC metastasis, which reveals several vulnerabilities which could be pursued for the targeted treatment of TNBC patients..

特别是，我们揭示了SE驱动的烟酰胺磷酸核糖基转移酶（NAMPT）上调，其促进对丝状伪足形成和转移至关重要的NAD+和ATP代谢重编程。总的来说，我们的研究详细描述了TWEAK/Fn14信号传导与TNBC转移之间复杂的机制联系，揭示了TNBC患者靶向治疗可能存在的几个漏洞。。

IntroductionBreast cancer (BC) is the leading malignancy in women (which comprises 11.7% of total cases), accounting for 6.9% of all cancer related deaths globally1,2,3,4. Additionally, the heterogeneity of this disease makes it challenging for both diagnosis and treatment5,6. There are five distinct molecular subtypes of BC: Luminal A, Luminal B, HER2-enriched, Basal-like/Triple negative and Normal-like7,8,9.

引言乳腺癌（BC）是女性的主要恶性肿瘤（占总病例的11.7%），占全球所有癌症相关死亡的6.9%1,2,3,4。此外，这种疾病的异质性使其对诊断和治疗都具有挑战性5,6。。

Amongst them, TNBC is the most aggressive and heterogenous subtype that exhibits enhanced proliferative and metastatic capacity, poorer prognosis and higher disease recurrence compared to the other subtypes. In addition, TNBCs are insensitive to endocrine and HER2-targeted therapy due to the absence of all three hormonal receptors which limits treatment options to standard chemotherapeutic regimens, such as taxanes, anthracyclines and platinum-based agents, alongside recent combination treatment with immuno-therapeutics10,11,12.

其中，TNBC是最具侵袭性和异质性的亚型，与其他亚型相比，其表现出增强的增殖和转移能力，较差的预后和更高的疾病复发。此外，由于缺乏所有三种激素受体，TNBC对内分泌和HER2靶向治疗不敏感，这限制了标准化疗方案（如紫杉烷，蒽环类和铂类药物）的治疗选择，以及最近与免疫疗法的联合治疗10,11,12。

However, despite various treatment options, fewer than 30% of patients achieve pathologic complete response10,13. Consequently, there is an urgent need to identify effective molecular markers or driver factors specific to TNBC patients for targeted therapies.To discover new therapeutic targets, it is crucial to elucidate the oncogenic signalling mechanisms and their requisite gene regulatory programmes which sustain TNBC malignancy.

然而，尽管有各种治疗选择，但只有不到30%的患者达到病理完全缓解10,13。因此，迫切需要鉴定针对TNBC患者的有效分子标志物或驱动因子以进行靶向治疗。为了发现新的治疗靶点，阐明维持TNBC恶性肿瘤的致癌信号传导机制及其必需的基因调控程序至关重要。

The Tumour necrosis factor (TNF)-like weak inducer of apoptosis (TWEAK)/Fibroblast growth factor-inducible 14 (Fn14) pathway is one such signalling cascade implicated in the pathogenesis of TNBC and other solid tumours. The TWEAK cytokine, TNFSF12, is a member of the TNF superfamily that is widely expressed in several tissues and cell types including fibroblasts, immune, mesenchymal, endothelial and tumour cell.

肿瘤坏死因子（TNF）样凋亡弱诱导剂（TWEAK）/成纤维细胞生长因子诱导型14（Fn14）途径是一种与TNBC和其他实体瘤的发病机制有关的信号级联反应。TWEAK细胞因子TNFSF12是TNF超家族的成员，其在几种组织和细胞类型中广泛表达，包括成纤维细胞，免疫细胞，间充质细胞，内皮细胞和肿瘤细胞。

Data availability

数据可用性

The ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq and HiChIP data generated in this study have been deposited in the GEO (Gene Expression Omnibus) database under accession code GSE231483. Source data are provided with this paper.

本研究中产生的ChIP-seq，RNA-seq，ATAC-seq和HiChIP数据已保存在GEO（Gene Expression Omnibus）数据库中，登录号为GSE231483。本文提供了源数据。

ReferencesSung, H. et al. Global cancer statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA: Cancer J. Clin. 71, 209–249 (2021).PubMed

ReferencesSung，H.等人，《2020年全球癌症统计：全球癌症协会对185个国家36种癌症的全球发病率和死亡率的估计》。CA：癌症J.临床。71209-249（2021）。PubMed出版社

Google Scholar

谷歌学者

Wu, H.-J. & Chu, P.-Y. Recent discoveries of macromolecule-and cell-based biomarkers and therapeutic implications in breast cancer. Int. J. Mol. Sci. 22, 636 (2021).Article

Wu，H.-J.＆Chu，P.-Y。大分子和细胞生物标志物的最新发现以及乳腺癌的治疗意义。Int.J.Mol.Sci。22636（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Siegel, R. L., Miller, K. D., Fuchs, H. E. & Jemal, A. Cancer statistics, 2022. CA: Cancer J. Clin. 72, 7–33 (2022).PubMed

Siegel，R.L.，Miller，K.D.，Fuchs，H.E.＆Jemal，A.癌症统计，2022年。CA：癌症J.临床。72，7-33（2022）。PubMed出版社

Google Scholar

谷歌学者

Yi, M. et al. Epidemiological trends of women’s cancers from 1990 to 2019 at the global, regional, and national levels: a population-based study. Biomark. Res. 9, 55 (2021).Article

Yi，M.等人，《1990年至2019年全球、区域和国家层面女性癌症的流行病学趋势：一项基于人群的研究》。生物标志物第9、55号决议（2021年）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Lüönd, F., Tiede, S. & Christofori, G. Breast cancer as an example of tumour heterogeneity and tumour cell plasticity during malignant progression. Br. J. cancer 125, 164–175 (2021).Article

Lönd，F.，Tiede，S。＆Christofori，G。乳腺癌是恶性进展过程中肿瘤异质性和肿瘤细胞可塑性的一个例子。《癌症杂志》125164-175（2021）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Polyak, K. Heterogeneity in breast cancer. J. Clin. Investig. 121, 3786–3788 (2011).Article

Polyak，K。乳腺癌的异质性。J、临床。调查。1213786-3788（2011）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Sotiriou, C. et al. Breast cancer classification and prognosis based on gene expression profiles from a population-based study. Proc. Natl Acad. Sci. 100, 10393–10398 (2003).Article

Sotiriou，C.等人。基于人群研究的基因表达谱的乳腺癌分类和预后。程序。国家科学院。科学。10010393-10398（2003）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Parker, J. S. et al. Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes. J. Clin. Oncol. 27, 1160 (2009).Article

Parker，J.S.等人基于内在亚型对乳腺癌风险预测进行了监督。J、临床。Oncol公司。271160（2009）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Sørlie, T. et al. Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications. Proc. Natl Acad. Sci. 98, 10869–10874 (2001).Article

Sørlie，T。等人。乳腺癌的基因表达模式区分具有临床意义的肿瘤亚类。程序。国家科学院。科学。9810869-10874（2001）。文章

ADS

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Li, Y. et al. Recent advances in therapeutic strategies for triple-negative breast cancer. J. Hematol. Oncol. 15, 121 (2022).Article

Li，Y.等人。三阴性乳腺癌治疗策略的最新进展。J、血液学。Oncol公司。15121（2022）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Bianchini, G., De Angelis, C., Licata, L. & Gianni, L. Treatment landscape of triple-negative breast cancer - expanded options, evolving needs. Nat. Rev. Clin. Oncol. 19, 91–113 (2022).Article

Bianchini，G.，De Angelis，C.，Licata，L。＆Gianni，L。三阴性乳腺癌的治疗前景-扩大的选择，不断变化的需求。国家修订临床。Oncol公司。19，91-113（2022）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Bianchini, G., Balko, J. M., Mayer, I. A., Sanders, M. E. & Gianni, L. Triple-negative breast cancer: challenges and opportunities of a heterogeneous disease. Nat. Rev. Clin. Oncol. 13, 674–690 (2016).Article

Bianchini，G.，Balko，J.M.，Mayer，I.A.，Sanders，M.E。＆Gianni，L。三阴性乳腺癌：异质性疾病的挑战和机遇。国家修订临床。Oncol公司。13674-690（2016）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

von Minckwitz, G. et al. Definition and impact of pathologic complete response on prognosis after neoadjuvant chemotherapy in various intrinsic breast cancer subtypes. J. Clin. Oncol. 30, 1796–1804 (2012).Article

。J、临床。Oncol公司。301796-1804（2012）。文章

Google Scholar

谷歌学者

Chicheportiche, Y., Fossati-Jimack, L., Moll, S., Ibnou-Zekri, N. & Izui, S. Down-regulated expression of TWEAK mRNA in acute and chronic inflammatory pathologies. Biochem. Biophys. Res. Commun. 279, 162–165 (2000).Article

Chicheportiche，Y.，Fossati-Jimack，L.，Moll，S.，Ibnou-Zekri，N。＆Izui，S。在急性和慢性炎症病理中下调TWEAK mRNA的表达。生物化学。生物物理。公共资源。279162-165（2000）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Kawakita, T. et al. Functional expression of TWEAK in human hepatocellular carcinoma: possible implication in cell proliferation and tumor angiogenesis. Biochem. Biophys. Res. Commun. 318, 726–733 (2004).Article

川崎，T。等。TWEAK在人肝细胞癌中的功能表达：在细胞增殖和肿瘤血管生成中的可能意义。生物化学。生物物理。公共资源。318726-733（2004）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Kawakita, T. et al. Functional expression of TWEAK in human colonic adenocarcinoma cells. Int. J. Oncol. 26, 87–93 (2005).CAS

Kawakita，T。等人。TWEAK在人结肠腺癌细胞中的功能表达。内景J.Oncol。26，87-93（2005）。中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Girgenrath, M. et al. TWEAK, via its receptor Fn14, is a novel regulator of mesenchymal progenitor cells and skeletal muscle regeneration. EMBO J. 25, 5826–5839 (2006).Article

。EMBO J.255826–5839（2006）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Lynch, C. N. et al. TWEAK induces angiogenesis and proliferation of endothelial cells. J. Biol. Chem. 274, 8455–8459 (1999).Article

Lynch，C.N。等人，TWEAK诱导内皮细胞的血管生成和增殖。J、生物。化学。2748455-8459（1999）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Chicheportiche, Y. et al. TWEAK, a new secreted ligand in the tumor necrosis factor family that weakly induces apoptosis. J. Biol. Chem. 272, 32401–32410 (1997).Article

Chicheportiche，Y。等人TWEAK是肿瘤坏死因子家族中一种新的分泌配体，可弱诱导细胞凋亡。J、生物。化学。27232401–32410（1997）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Bossen, C. et al. Interactions of tumor necrosis factor (TNF) and TNF receptor family members in the mouse and human. J. Biol. Chem. 281, 13964–13971 (2006).Article

Bossen，C。等人。肿瘤坏死因子（TNF）和TNF受体家族成员在小鼠和人类中的相互作用。J、生物。化学。28113964-13971（2006）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Tran, N. L. et al. The human Fn14 receptor gene is up-regulated in migrating glioma cells in vitro and overexpressed in advanced glial tumors. Am. J. Pathol. 162, 1313–1321 (2003).Article

Tran，N.L.等人。人Fn14受体基因在体外迁移的神经胶质瘤细胞中上调，在晚期神经胶质瘤中过表达。美国J.Pathol。1621313-1321（2003）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Yin, J. et al. AR-regulated TWEAK-FN14 pathway promotes prostate cancer bone metastasis. Cancer Res. 74, 4306–4317 (2014).Article

Yin，J。等人。AR调节的TWEAK-FN14途径促进前列腺癌骨转移。癌症研究744306-4317（2014）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Chao, D. T. et al. Expression of TweakR in breast cancer and preclinical activity of enavatuzumab, a humanized anti-TweakR mAb. J. Cancer Res. Clin. Oncol. 139, 315–325 (2013).Article

。J、癌症研究临床。Oncol公司。139315–325（2013）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Cordido, A. et al. TWEAK signaling pathway blockade slows cyst growth and disease progression in autosomal dominant polycystic kidney disease. J. Am. Soc. Nephrol. 32, 1913–1932 (2021).Article

在常染色体显性多囊肾病中，TWEAK信号通路阻断可减缓囊肿生长和疾病进展。J、。321913-1932（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Zhao, Z. et al. TWEAK/Fn14 interactions are instrumental in the pathogenesis of nephritis in the chronic graft-versus-host model of systemic lupus erythematosus. J. Immunol. 179, 7949–7958 (2007).Article

Zhao，Z。等人。在系统性红斑狼疮的慢性移植物抗宿主模型中，TWEAK/Fn14相互作用有助于肾炎的发病机制。J、免疫。1797949-7958（2007）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Willis, A. L. et al. The fibroblast growth factor-inducible 14 receptor is highly expressed in HER2-positive breast tumors and regulates breast cancer cell invasive capacity. Mol. Cancer Res. 6, 725–734 (2008).Article

Willis，A.L.等人。成纤维细胞生长因子诱导型14受体在HER2阳性乳腺肿瘤中高度表达，并调节乳腺癌细胞的侵袭能力。Mol.Cancer Res.6725–734（2008）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Enwere, E. K., LaCasse, E. C., Adam, N. J. & Korneluk, R. G. Role of the TWEAK-Fn14-cIAP1-NF-κB signaling axis in the regulation of myogenesis and muscle homeostasis. Front. Immunol. 5, 34 (2014).Article

Enwere，E.K.，LaCasse，E.C.，Adam，N.J。＆Korneluk，R.G。TWEAK-Fn14-cIAP1-NF-κB信号轴在调节肌生成和肌肉稳态中的作用。正面。免疫。5，34（2014）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Vincent, C. et al. Pro‐inflammatory cytokines TNF‐related weak inducer of apoptosis (TWEAK) and TNFα induce the mitogen‐activated protein kinase (MAPK)‐dependent expression of sclerostin in human osteoblasts. J. Bone Miner. Res. 24, 1434–1449 (2009).Article

。J、骨矿工。第241434-1449号决议（2009年）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Zhang, Y., Zeng, W. & Xia, Y. TWEAK/Fn14 axis is an important player in fibrosis. J. Cell. Physiol. 236, 3304–3316 (2021).Article

Zhang，Y.，Zeng，W。＆Xia，Y。TWEAK/Fn14轴是纤维化的重要参与者。J、细胞。生理学。2363304-3316（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Vince, J. E. et al. TWEAK-FN14 signaling induces lysosomal degradation of a cIAP1–TRAF2 complex to sensitize tumor cells to TNFα. J. Cell Biol. 182, 171–184 (2008).Article

Vince，J.E。等人，TWEAK-FN14信号传导诱导cIAP1-TRAF2复合物的溶酶体降解，使肿瘤细胞对TNFα敏感。J、细胞生物学。182171-184（2008）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Cherry, E. M., Lee, D. W., Jung, J. U. & Sitcheran, R. Tumor necrosis factor-like weak inducer of apoptosis (TWEAK) promotes glioma cell invasion through induction of NF-kappaB-inducing kinase (NIK) and noncanonical NF-kappaB signaling. Mol. Cancer 14, 9 (2015).Article

Cherry，E.M.，Lee，D.W.，Jung，J.U。＆Sitcheran，R。肿瘤坏死因子样弱凋亡诱导剂（TWEAK）通过诱导NF-κB诱导激酶（NIK）和非典型NF-κB信号传导促进神经胶质瘤细胞侵袭。分子癌症14,9（2015）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Kaltschmidt, C. et al. A role for NF-κB in organ specific cancer and cancer stem cells. Cancers 11, 655 (2019).Article

Kaltschmidt，C。等人。NF-κB在器官特异性癌症和癌症干细胞中的作用。癌症11655（2019）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Xie, X. et al. c-Jun N-terminal kinase promotes stem cell phenotype in triple-negative breast cancer through upregulation of Notch1 via activation of c-Jun. Oncogene 36, 2599–2608 (2017).Article

Xie，X。等人。c-Jun N末端激酶通过激活c-Jun上调Notch1促进三阴性乳腺癌的干细胞表型。癌基因362599-2608（2017）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Huber, M. A. et al. NF-κB is essential for epithelial-mesenchymal transition and metastasis in a model of breast cancer progression. J. Clin. Investig. 114, 569–581 (2004).Article

在乳腺癌进展模型中，NF-κB对于上皮-间质转化和转移至关重要。J、临床。调查。114569-581（2004）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Vleugel, M. M., Greijer, A. E., Bos, R., van der Wall, E. & van Diest, P. J. c-Jun activation is associated with proliferation and angiogenesis in invasive breast cancer. Hum. Pathol. 37, 668–674 (2006).Article

Vleugel，M.M.，Greijer，A.E.，Bos，R.，van der Wall，E。＆van Diest，P.J。c-Jun激活与浸润性乳腺癌的增殖和血管生成有关。哼。感伤。37668-674（2006）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Franco, H. L. et al. Enhancer transcription reveals subtype-specific gene expression programs controlling breast cancer pathogenesis. Genome Res. 28, 159–170 (2018).Article

Franco，H.L.等人，增强子转录揭示了控制乳腺癌发病机制的亚型特异性基因表达程序。基因组研究28159-170（2018）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Brown, J. D. et al. NF-kappaB directs dynamic super enhancer formation in inflammation and atherogenesis. Mol. Cell. 56, 219–231 (2014).Article

Brown，J.D。等人。NF-κB指导炎症和动脉粥样硬化中动态超增强子的形成。摩尔电池。56219-231（2014）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Han, R. et al. Functional CRISPR screen identifies AP1-associated enhancer regulating FOXF1 to modulate oncogene-induced senescence. Genome Biol. 19, 118 (2018).Article

Han，R。等人。功能性CRISPR筛选鉴定AP1相关增强子调节FOXF1以调节癌基因诱导的衰老。基因组生物学。19118（2018）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Seo, J. et al. AP-1 subunits converge promiscuously at enhancers to potentiate transcription. Genome Res. 31, 538–550 (2021).Article

Seo，J。等人。AP-1亚基在增强子上混杂地聚集以增强转录。基因组研究31538-550（2021）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Michida, H. et al. The number of transcription factors at an enhancer determines switch-like gene expression. Cell Rep. 31, 107724 (2020).Article

Michida，H。等人。增强子上转录因子的数量决定了开关样基因的表达。Cell Rep.31107724（2020）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Zhou, H. et al. Development of human serine protease-based therapeutics targeting Fn14 and identification of Fn14 as a new target overexpressed in TNBC. Mol. Cancer Ther. 13, 2688–2705 (2014).Article

Zhou，H.等人。靶向Fn14的基于人丝氨酸蛋白酶的治疗剂的开发以及Fn14作为TNBC中过表达的新靶标的鉴定。分子癌症治疗。。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Xu, K. et al. Single-cell RNA sequencing reveals cell heterogeneity and transcriptome profile of breast cancer lymph node metastasis. Oncogenesis 10, 66 (2021).Article

Xu，K。等人。单细胞RNA测序揭示了乳腺癌淋巴结转移的细胞异质性和转录组谱。肿瘤发生10,66（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Li, Y. et al. Non-canonical NF-kappaB signalling and ETS1/2 cooperatively drive C250T mutant TERT promoter activation. Nat. Cell Biol. 17, 1327–1338 (2015).Article

Li，Y。等人。非经典NF-κB信号传导和ETS1/2协同驱动C250T突变TERT启动子激活。自然细胞生物学。171327-1338（2015）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Dogra, C., Hall, S. L., Wedhas, N., Linkhart, T. A. & Kumar, A. Fibroblast growth factor inducible 14 (Fn14) is required for the expression of myogenic regulatory factors and differentiation of myoblasts into myotubes. Evidence for TWEAK-independent functions of Fn14 during myogenesis.

Dogra，C.，Hall，S.L.，Wedhas，N.，Linkhart，T.A。＆Kumar，A。成纤维细胞生长因子诱导型14（Fn14）是成肌调节因子表达和成肌细胞分化为肌管所必需的。Fn14在肌生成过程中不依赖TWEAK功能的证据。

J. Biol. Chem. 282, 15000–15010 (2007).Article .

J.生物学。化学。282, 15000-15010 (2007).第[UNK]条。

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Dogra, C., Changotra, H., Mohan, S. & Kumar, A. Tumor necrosis factor-like weak inducer of apoptosis inhibits skeletal myogenesis through sustained activation of nuclear factor-kappaB and degradation of MyoD protein. J. Biol. Chem. 281, 10327–10336 (2006).Article

Dogra，C.，Changotra，H.，Mohan，S。＆Kumar，A。肿瘤坏死因子样凋亡弱诱导剂通过持续激活核因子κB和MyoD蛋白降解来抑制骨骼肌生成。J、生物。化学。28110327-10336（2006）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Deka, K. & Li, Y. Transcriptional regulation during aberrant activation of NF-κB signalling in cancer. Cells 12, 788 (2023).Article

Deka，K。＆Li，Y。癌症中NF-κB信号异常激活期间的转录调控。细胞12788（2023）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Sim, N. & Li, Y. NF-kappaB/p52 augments ETS1 binding genome-wide to promote glioma progression. Commun. Biol. 6, 445 (2023).Article

Sim，N。＆Li，Y。NF-κB/p52增强全基因组ETS1结合以促进神经胶质瘤进展。Commun公司。生物学6445（2023）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Ang, D. A. et al. Aberrant non-canonical NF-kappaB signalling reprograms the epigenome landscape to drive oncogenic transcriptomes in multiple myeloma. Nat. Commun. 15, 2513 (2024).Article

Ang，D.A。等人。异常的非经典NF-κB信号传导重新编程表观基因组景观，以驱动多发性骨髓瘤中的致癌转录组。国家公社。152513（2024）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Di Stefano, V., Wang, B., Parobchak, N., Roche, N. & Rosen, T. RelB/p52-mediated NF-kappaB signaling alters histone acetylation to increase the abundance of corticotropin-releasing hormone in human placenta. Sci. Signal. 8, ra85 (2015).Article

Di Stefano，V.，Wang，B.，Parobchak，N.，Roche，N。＆Rosen，T。RelB/p52介导的NF-κB信号传导改变组蛋白乙酰化以增加人胎盘中促肾上腺皮质激素释放激素的丰度。科学。信号。8，ra85（2015）。文章

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Raisner, R., Bainer, R., Haverty, P. M., Benedetti, K. L. & Gascoigne, K. E. Super-enhancer acquisition drives oncogene expression in triple negative breast cancer. PLoS ONE 15, e0235343 (2020).Article

Raisner，R.，Bainer，R.，Haverty，P.M.，Benedetti，K.L。和Gascoigne，K.E。超级增强子获得驱动三阴性乳腺癌中的癌基因表达。PLoS ONE 15，e0235343（2020）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Zheng, L. et al. ELK4 promotes the development of gastric cancer by inducing M2 polarization of macrophages through regulation of the KDM5A-PJA2-KSR1 axis. J. Transl. Med. 19, 342 (2021).Article

Zheng，L。等人。ELK4通过调节KDM5A-PJA2-KSR1轴诱导巨噬细胞M2极化，从而促进胃癌的发展。J、翻译。医学杂志19342（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Huang, H. et al. Defining super-enhancer landscape in triple-negative breast cancer by multiomic profiling. Nat. Commun. 12, 2242 (2021).Article

Huang，H.等人。通过多组学分析定义三阴性乳腺癌中的超级增强子景观。国家公社。122242（2021）。文章

ADS

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Xu, J. et al. Subtype-specific 3D genome alteration in acute myeloid leukaemia. Nature 611, 387–398 (2022).Article

Xu，J。等人。急性髓细胞白血病中亚型特异性3D基因组改变。自然611387-398（2022）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Flavahan, W. A. et al. Insulator dysfunction and oncogene activation in IDH mutant gliomas. Nature 529, 110–114 (2016).Article

Flavahan，W.A。等。IDH突变型神经胶质瘤中的绝缘子功能障碍和癌基因激活。自然529110-114（2016）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Cheuk, I. W. et al. ITGAV targeting as a therapeutic approach for treatment of metastatic breast cancer. Am. J. Cancer Res. 10, 211–223 (2020).CAS

。《美国癌症杂志》第10211-223号（2020年）。中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Marquis, C. et al. Chromosomally unstable tumor cells specifically require KIF18A for proliferation. Nat. Commun. 12, 1213 (2021).Article

Marquis，C。等人。染色体不稳定的肿瘤细胞特别需要KIF18A才能增殖。国家公社。1213（2021）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Zhang, H. et al. Epigenetic regulation of NAMPT by NAMPT-AS drives metastatic progression in triple-negative breast cancer. Cancer Res. 79, 3347–3359 (2019).Article

Zhang，H。等人。NAMPT-AS对NAMPT的表观遗传调控驱动三阴性乳腺癌的转移进展。。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Hesari, Z. et al. Down-regulation of NAMPT expression by mir-206 reduces cell survival of breast cancer cells. Gene 673, 149–158 (2018).Article

Hesari，Z。等人。mir-206对NAMPT表达的下调降低了乳腺癌细胞的细胞存活率。基因673149-158（2018）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Katsuoka, F. & Yamamoto, M. Small Maf proteins (MafF, MafG, MafK): History, structure and function. Gene 586, 197–205 (2016).Article

Katsuoka，F。＆Yamamoto，M。小Maf蛋白（MafF，MafG，MafK）：历史，结构和功能。基因586197-205（2016）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Xu, X. et al. Structural basis for reactivating the mutant TERT promoter by cooperative binding of p52 and ETS1. Nat. Commun. 9, 3183 (2018).Article

Xu，X。等人。通过p52和ETS1的协同结合重新激活突变TERT启动子的结构基础。国家公社。93183（2018）。文章

ADS

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Gardell, S. J. et al. Boosting NAD(+) with a small molecule that activates NAMPT. Nat. Commun. 10, 3241 (2019).Article

Gardell，S.J.等人用激活NAMPT的小分子促进NAD（+）。国家公社。103241（2019）。文章

ADS

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Braidy, N. et al. Role of nicotinamide adenine dinucleotide and related precursors as therapeutic targets for age-related degenerative diseases: rationale, biochemistry, pharmacokinetics, and outcomes. Antioxid. Redox Signal. 30, 251–294 (2019).Article

Braidy，N.等人。烟酰胺腺嘌呤二核苷酸和相关前体作为年龄相关性退行性疾病治疗靶点的作用：原理，生物化学，药代动力学和结果。抗氧化剂。氧化还原信号。30251-294（2019）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Fiorillo, M., Ozsvari, B., Sotgia, F. & Lisanti, M. P. High ATP production fuels cancer drug resistance and metastasis: implications for mitochondrial ATP depletion therapy. Front. Oncol. 11, 740720 (2021).Article

Fiorillo，M.，Ozsvari，B.，Sotgia，F。＆Lisanti，M.P。高ATP产生促进癌症耐药性和转移：对线粒体ATP耗竭疗法的影响。正面。Oncol公司。11740720（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Mallavarapu, A. & Mitchison, T. Regulated actin cytoskeleton assembly at filopodium tips controls their extension and retraction. J. Cell Biol. 146, 1097–1106 (1999).Article

Mallavarapu，A。＆Mitchison，T。在丝状伪足尖端调节肌动蛋白细胞骨架组装控制其延伸和收缩。J、细胞生物学。1461097-1106（1999）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Korn, E. D., Carlier, M. F. & Pantaloni, D. Actin polymerization and ATP hydrolysis. Science 238, 638–644 (1987).Article

Korn，E.D.，Carlier，M.F。和Pantaloni，D。肌动蛋白聚合和ATP水解。科学238638-644（1987）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Lin, C. Y. et al. Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. Nature 530, 57–62 (2016).Article

Lin，C.Y.等人。活性髓母细胞瘤增强剂揭示了亚组特异性细胞起源。《自然》530,57-62（2016）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Zhou, R. W. et al. A local tumor microenvironment acquired super-enhancer induces an oncogenic driver in colorectal carcinoma. Nat. Commun. 13, 6041 (2022).Article

Zhou，R.W.等人。局部肿瘤微环境获得性超增强子诱导结直肠癌的致癌驱动因素。国家公社。136041（2022）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Yu, D. et al. Super-enhancer induced IL-20RA promotes proliferation/metastasis and immune evasion in colorectal cancer. Front. Oncol. 11, 724655 (2021).Article

Yu，D。等人。超级增强子诱导的IL-20RA促进结直肠癌的增殖/转移和免疫逃避。正面。Oncol公司。11724655（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Jia, Y. et al. Myeloma-specific superenhancers affect genes of biological and clinical relevance in myeloma. Blood Cancer J. 11, 32 (2021).Article

Jia，Y。等人。骨髓瘤特异性超增强子影响骨髓瘤生物学和临床相关基因。《血癌杂志》11,32（2021）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Sullivan, W. J. et al. Extracellular matrix remodeling regulates glucose metabolism through TXNIP destabilization. Cell 175, 117–32.e21 (2018).Article

Sullivan，W.J。等人。细胞外基质重塑通过TXNIP去稳定化调节葡萄糖代谢。细胞175117-32.e21（2018）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Chuang, C. H. et al. Altered mitochondria functionality defines a metastatic cell state in lung cancer and creates an exploitable vulnerability. Cancer Res. 81, 567–579 (2021).Article

Chuang，C.H。等人。线粒体功能的改变定义了肺癌中的转移细胞状态，并产生了可利用的脆弱性。癌症研究81567-579（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Lim, S. K. et al. Sustained activation of non-canonical NF-kappaB signalling drives glycolytic reprogramming in doxorubicin-resistant DLBCL. Leukemia 37, 441–452 (2023).Article

Lim，S.K.等人。非经典NF-κB信号传导的持续激活驱动多柔比星耐药DLBCL中的糖酵解重编程。白血病37441-452（2023）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Semenza, G. L. HIF-1: upstream and downstream of cancer metabolism. Curr. Opin. Genet Dev. 20, 51–56 (2010).Article

Semenza，G.L。HIF-1：癌症代谢的上游和下游。货币。奥平。Genet Dev.20,51-56（2010）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Dang, C. V., Le, A. & Gao, P. MYC-induced cancer cell energy metabolism and therapeutic opportunities. Clin. Cancer Res. 15, 6479–6483 (2009).Article

Dang，C.V.，Le，A。＆Gao，P.MYC诱导癌细胞能量代谢和治疗机会。临床。癌症研究156479-6483（2009）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Wong, K. K., Engelman, J. A. & Cantley, L. C. Targeting the PI3K signaling pathway in cancer. Curr. Opin. Genet. Dev. 20, 87–90 (2010).Article

Wong，K.K.，Engelman，J.A。和Cantley，L.C。靶向癌症中的PI3K信号传导途径。货币。奥平。基因。Dev.20，87–90（2010）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Shackelford, D. B. & Shaw, R. J. The LKB1-AMPK pathway: metabolism and growth control in tumour suppression. Nat. Rev. Cancer 9, 563–575 (2009).Article

Shackelford，D.B。＆Shaw，R.J。LKB1-AMPK途径：肿瘤抑制中的代谢和生长控制。《国家癌症评论》9563-575（2009）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Nguyen, T. T. T. et al. HDAC inhibitors elicit metabolic reprogramming by targeting super-enhancers in glioblastoma models. J. Clin. Investig. 130, 3699–3716 (2020).Article

Nguyen，T.T.T.等人，HDAC抑制剂通过靶向胶质母细胞瘤模型中的超增强子来引发代谢重编程。J、临床。调查。1303699-3716（2020）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Tan, B. et al. Inhibition of Nicotinamide Phosphoribosyltransferase (NAMPT), an enzyme essential for NAD+ biosynthesis, leads to altered carbohydrate metabolism in cancer cells. J. Biol. Chem. 290, 15812–15824 (2015).Article

Tan，B。等人。抑制烟酰胺磷酸核糖基转移酶（NAMPT），一种NAD+生物合成所必需的酶，导致癌细胞中碳水化合物代谢的改变。J、生物。化学。29015812-15824（2015）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Tan, B. et al. Pharmacological inhibition of nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT), an enzyme essential for NAD+ biosynthesis, in human cancer cells: metabolic basis and potential clinical implications. J. Biol. Chem. 288, 3500–3511 (2013).Article

Tan，B.等人。烟酰胺磷酸核糖基转移酶（NAMPT）是NAD+生物合成所必需的酶，在人类癌细胞中的药理抑制作用：代谢基础和潜在的临床意义。J、生物。化学。2883500–3511（2013）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Zhou, S. J., Bi, T. Q., Qin, C. X., Yang, X. Q. & Pang, K. Expression of NAMPT is associated with breast invasive ductal carcinoma development and prognosis. Oncol. Lett. 15, 6648–6654 (2018).PubMed

Zhou，S.J.，Bi，T.Q.，Qin，C.X.，Yang，X.Q。＆Pang，K。NAMPT的表达与乳腺浸润性导管癌的发展和预后有关。Oncol公司。利特。156648-6654（2018）。PubMed出版社

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Gujar, A. D. et al. An NAD+-dependent transcriptional program governs self-renewal and radiation resistance in glioblastoma. Proc. Natl Acad. Sci. USA 113, E8247–E8256 (2016).Article

Gujar，A.D。等人。NAD+依赖性转录程序控制胶质母细胞瘤的自我更新和辐射抗性。程序。国家科学院。科学。美国113，E8247–E8256（2016）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Lucena-Cacace, A., Otero-Albiol, D., Jimenez-Garcia, M. P., Munoz-Galvan, S. & Carnero, A. NAMPT is a potent oncogene in colon cancer progression that modulates cancer stem cell properties and resistance to therapy through Sirt1 and PARP. Clin. Cancer Res. 24, 1202–1215 (2018).Article .

Lucena-Cacace，A.，Otero-Albiol，D.，Jimenez-Garcia，M.P.，Munoz-Galvan，S。＆Carnero，A.NAMPT是结肠癌进展中的有效致癌基因，可通过Sirt1和PARP调节癌症干细胞特性和对治疗的抵抗力。临床。癌症研究241202-1215（2018）。文章。

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Lucena-Cacace, A., Otero-Albiol, D., Jimenez-Garcia, M. P., Peinado-Serrano, J. & Carnero, A. NAMPT overexpression induces cancer stemness and defines a novel tumor signature for glioma prognosis. Oncotarget 8, 99514–99530 (2017).Article

Lucena-Cacace，A.，Otero-Albiol，D.，Jimenez-Garcia，M.P.，Peinado-Serrano，J。＆Carnero，A。NAMPT过表达诱导癌症干性并定义了神经胶质瘤预后的新型肿瘤特征。Oncotarget 899514–99530（2017）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Fiorillo, M., Scatena, C., Naccarato, A. G., Sotgia, F. & Lisanti, M. P. Bedaquiline, an FDA-approved drug, inhibits mitochondrial ATP production and metastasis in vivo, by targeting the gamma subunit (ATP5F1C) of the ATP synthase. Cell Death Differ. 28, 2797–2817 (2021).Article

FDA批准的药物Fiorillo，M.，Scatena，C.，Naccarato，A.G.，Sotgia，F。＆Lisanti，M.P。Bedaquiline通过靶向ATP合酶的γ亚基（ATP5F1C）来抑制体内线粒体ATP的产生和转移。细胞死亡不同。282797-2817（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Zeng, Y. et al. Guiding irregular nuclear morphology on nanopillar arrays for malignancy differentiation in tumor cells. Nano Lett. 22, 7724–7733 (2022).Article

Zeng，Y.等。指导纳米柱阵列上不规则核形态在肿瘤细胞中的恶性分化。纳诺莱特。227724-7733（2022）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Loo, S. Y. et al. Fatty acid oxidation is a druggable gateway regulating cellular plasticity for driving metastasis in breast cancer. Sci. Adv. 7, eabh2443 (2021).Article

Loo，S.Y.等人。脂肪酸氧化是调节细胞可塑性以驱动乳腺癌转移的可药物途径。科学。Adv.7，eabh2443（2021）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Schindelin, J. et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat. Methods 9, 676–682 (2012).Article

Schindelin，J。等人。斐济：生物图像分析的开源平台。《自然方法》9676-682（2012）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Jacquemet, G. et al. FiloQuant reveals increased filopodia density during breast cancer progression. J. Cell Biol. 216, 3387–3403 (2017).Article

Jacquemet，G。等人FiloQuant揭示乳腺癌进展期间丝状伪足密度增加。J、细胞生物学。2163387-3403（2017）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Andrew S. FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc (2010).Bolger, A. M., Lohse, M. & Usadel, B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30, 2114–2120 (2014).Article

Andrew S.FastQC：高通量序列数据的质量控制工具。http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc（2010年）。Bolger，A.M.，Lohse，M。和Usadel，B。Trimmomatic：用于Illumina序列数据的柔性修剪器。生物信息学302114-2120（2014）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Dobin, A. et al. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics 29, 15–21 (2013).Article

Dobin，A。等人STAR：超快通用RNA-seq比对仪。生物信息学29,15-21（2013）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Liao, Y., Smyth, G. K. & Shi, W. featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features. Bioinformatics 30, 923–930 (2014).Article

Liao，Y.，Smyth，G.K。＆Shi，W。featureCounts：一种有效的通用程序，用于将序列读数分配给基因组特征。生物信息学30923-930（2014）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Love, M. I., Huber, W. & Anders, S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 15, 550 (2014).Article

Love，M.I.，Huber，W。＆Anders，S。用DESeq2缓和了RNA-seq数据的倍数变化和分散估计。基因组生物学。15550（2014）。文章

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Mi, H. et al. Protocol Update for large-scale genome and gene function analysis with the PANTHER classification system (v.14.0). Nat. Protoc. 14, 703–721 (2019).Article

Mi，H.等人。使用PANTHER分类系统（v.14.0）进行大规模基因组和基因功能分析的协议更新。自然协议。14703-721（2019）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Thomas, P. D. et al. PANTHER: making genome-scale phylogenetics accessible to all. Protein Sci. 31, 8–22 (2022).Article

Thomas，P.D.等人，《黑豹：使所有人都能获得基因组规模的系统发育学》。蛋白质科学。31，8-22（2022）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Subramanian, A. et al. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc. Natl Acad. Sci. USA 102, 15545–15550 (2005).Article

。程序。国家科学院。科学。美国10215545–15550（2005）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Mootha, V. K. et al. PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes. Nat. Genet. 34, 267–273 (2003).Article

Mootha，V.K.等人，参与氧化磷酸化的PGC-1α反应基因在人类糖尿病中协同下调。。34267-273（2003）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Zhou, Y. et al. Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets. Nat. Commun. 10, 1523 (2019).Article

Zhou，Y。et al。Metascape为系统级数据集的分析提供了面向生物学家的资源。国家公社。101523（2019）。文章

ADS

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Wickham H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (Cham: Springer International Publishing: Imprint: Springer, 2016).Goldman, M. J. et al. Visualizing and interpreting cancer genomics data via the Xena platform. Nat. Biotechnol. 38, 675–678 (2020).Article

Wickham H.ggplot2：用于数据分析的优雅图形（Cham:Springer International Publishing:Imprint:Springer，2016）。Goldman，M.J.等人。通过Xena平台可视化和解释癌症基因组学数据。美国国家生物技术公司。。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Hao, Y. et al. Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis. Nat. Biotechnol. 42, 293–304 (2023).Aran, D. et al. Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage. Nat. Immunol. 20, 163–172 (2019).Article .

Hao，Y。等人。用于综合，多模式和可扩展单细胞分析的词典学习。美国国家生物技术公司。42293-304（2023）。Aran，D。等人。基于参考的肺单细胞测序分析揭示了过渡性促纤维化巨噬细胞。自然免疫。20163-172（2019）。文章。

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Langmead, B. & Salzberg, S. L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat. Methods 9, 357–359 (2012).Article

Langmead，B。＆Salzberg，S.L。与Bowtie 2快速间隙读取对齐。《自然方法》9357-359（2012）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Quinlan, A. R. & Hall, I. M. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics 26, 841–842 (2010).Article

Quinlan，A.R。＆Hall，I.M。BEDTools：用于比较基因组特征的灵活实用程序套件。生物信息学26841-842（2010）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Stark S., Brown G. DiffBind: Differential Binding Analysis of ChIP-Seq Peak Data. 2011.Ramirez, F. et al. deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis. Nucleic Acids Res. 44, W160–W165 (2016).Article

Stark S.，Brown G.DiffBind：ChIP-Seq峰数据的差异结合分析。2011。Ramirez，F。等人。deepTools2：用于深度测序数据分析的下一代web服务器。核酸研究44，W160–W165（2016）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

McLean, C. Y. et al. GREAT improves functional interpretation of cis-regulatory regions. Nat. Biotechnol. 28, 495–501 (2010).Article

McLean，C.Y.等人改进了顺式调控区的功能解释。美国国家生物技术公司。28495-501（2010）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Ramirez, F. et al. High-resolution TADs reveal DNA sequences underlying genome organization in flies. Nat. Commun. 9, 189 (2018).Article

Ramirez，F。等人。高分辨率TAD揭示了果蝇基因组组织的DNA序列。国家公社。9189（2018）。文章

ADS

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Lopez-Delisle, L. et al. pyGenomeTracks: reproducible plots for multivariate genomic datasets. Bioinformatics 37, 422–423 (2021).Article

Lopez-Delisle，L。等人，《pyGenomeTracks：多变量基因组数据集的可重复图》。生物信息学37422-423（2021）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Loven, J. et al. Selective inhibition of tumor oncogenes by disruption of super-enhancers. Cell 153, 320–334 (2013).Article

Loven，J.等人。通过破坏超级增强子选择性抑制肿瘤癌基因。细胞153320-334（2013）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Whyte, W. A. et al. Master transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes. Cell 153, 307–319 (2013).Article

Whyte，W.A.等人掌握了转录因子和介体，在关键的细胞身份基因上建立了超级增强子。细胞153307-319（2013）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Corces, M. R. et al. An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues. Nat. Methods 14, 959–962 (2017).Article

Corces，M.R.等人。改进的ATAC-seq协议减少了背景并能够询问冷冻组织。自然方法14959-962（2017）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Barnett, D. W., Garrison, E. K., Quinlan, A. R., Stromberg, M. P. & Marth, G. T. BamTools: a C++ API and toolkit for analyzing and managing BAM files. Bioinformatics 27, 1691–1692 (2011).Article

Barnett，D.W.，Garrison，E.K.，Quinlan，A.R.，Stromberg，M.P。＆Marth，G.T。BamTools：用于分析和管理BAM文件的C++API和工具包。生物信息学271691-1692（2011）。文章

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Bentsen, M. et al. ATAC-seq footprinting unravels kinetics of transcription factor binding during zygotic genome activation. Nat. Commun. 11, 4267 (2020).Article

Bentsen，M。等人。ATAC-seq足迹揭示了合子基因组激活过程中转录因子结合的动力学。国家公社。114267（2020）。文章

ADS

CAS

中科院

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Li H. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM. arXiv:13033997 [q-bioGN] 2013.Danecek, P. et al. Twelve years of SAMtools and BCFtools. Gigascience. 2021;10.Bhattacharyya, S., Chandra, V., Vijayanand, P. & Ay, F. Identification of significant chromatin contacts from HiChIP data by FitHiChIP.

Li H.用BWA-MEM比对序列读数，克隆序列和组装重叠群。arXiv:13033997[q-bioGN]2013。Danecek，P。等人。SAMtools和BCFtools的十二年。Gigascience公司。2021年；10.Bhattacharyya，S.，Chandra，V.，Vijayanand，P。＆Ay，F。通过FitHiChIP从HiChIP数据中鉴定重要的染色质接触。

Nat. Commun. 10, 4221 (2019).Article .

Nat.普通。104221（2019）。文章。

ADS

PubMed

PubMed Central

公共医学中心

Google Scholar

谷歌学者

Lareau, C. A. & Aryee, M. J. diffloop: a computational framework for identifying and analyzing differential DNA loops from sequencing data. Bioinformatics 34, 672–674 (2018).Article

Lareau，C.A。＆Aryee，M.J.diffloop：用于从测序数据中识别和分析差异DNA环的计算框架。生物信息学34672-674（2018）。文章

CAS

中科院

PubMed

Google Scholar

谷歌学者

Download referencesAcknowledgementsThis study is funded by the National Research Foundation (NRF) Singapore, under its Singapore NRF Fellowship (NRF-NRFF2018-04). In addition, we thank the Nanyang Assistant Professorship (NAP) Start-up-grant to Y.L.’s lab and Nanyang Technological University for the PhD scholarship funding of N.S.Author informationAuthors and AffiliationsSchool of Biological Sciences (SBS), Nanyang Technological University (NTU), 60 Nanyang Drive, Singapore, 637551, SingaporeNicholas Sim, Jean-Michel Carter, Kamalakshi Deka, Suet-Mien Tan & Yinghui LiDivision of Surgery and Surgical Oncology, Department of Breast Surgery, National Cancer Centre Singapore, 30 Hospital Blvd, Singapore, 168583, SingaporeBenita Kiat Tee Tan & Yirong SimDivision of Surgery and Surgical Oncology, Department of Breast Surgery, Singapore General Hospital, 31 Third Hospital Ave, Singapore, 168753, SingaporeBenita Kiat Tee Tan & Yirong SimSingHealth Duke-NUS Breast Centre, Singapore, SingaporeBenita Kiat Tee Tan & Yirong SimAuthorsNicholas SimView author publicationsYou can also search for this author in.

下载参考文献致谢本研究由新加坡国家研究基金会（NRF）资助，由其新加坡NRF奖学金（NRF-NRFF2018-04）资助。此外，我们感谢南洋理工大学（NTU）生物科学学院（SBS）为Y.L.实验室和南洋理工大学提供的博士奖学金资助。作者信息作者和附属机构南洋理工大学（NTU），新加坡南洋大道60号，637551，新加坡人Nicholas Sim，Jean-Michel Carter，Kamalakshi Deka，Suet Mien Tan＆Yinghui LiDivision of Surgery and Surgery Oncology，Department of Breast Surgery，National Cancer Centre Singapore，30 Hospital Blvd，Singapore，168583，SingaporeBenita Kiat Tee Tan＆Yirong Sim Division of Surgery and Surgery Oncology新加坡总医院乳腺外科，新加坡第三医院大街31号，168753，新加坡Benita Kiat Tee Tan＆Yirong SimSingHealth Duke NUS乳腺中心，新加坡Benita Kiat Tee Tan＆Yirong Simauthors Nicholas SimView作者出版物您也可以在中搜索这位作者。

PubMed Google ScholarJean-Michel CarterView author publicationsYou can also search for this author in

PubMed谷歌学者Jean Michel CarterView作者出版物您也可以在

PubMed Google ScholarKamalakshi DekaView author publicationsYou can also search for this author in

PubMed Google ScholarKamalakshi DekaView作者出版物您也可以在

PubMed Google ScholarBenita Kiat Tee TanView author publicationsYou can also search for this author in

PubMed Google ScholarBenita Kiat Tee TanView作者出版物您也可以在

PubMed Google ScholarYirong SimView author publicationsYou can also search for this author in

PubMed Google ScholarSuet-Mien TanView author publicationsYou can also search for this author in

PubMed Google ScholarSuet Mien TanView作者出版物您也可以在

PubMed Google ScholarYinghui LiView author publicationsYou can also search for this author in

PubMed Google ScholarYinghui LiView作者出版物您也可以在

PubMed Google ScholarContributionsY.L. conceptualised the ideas to this manuscript and supervised the study. Y.L. and N.S. planned and devised the experiments. N.S. performed and analysed all molecular and cell biology experiments, with assistance from K.D. in western blotting, cell sorting, genotyping and microscopy.

PubMed谷歌学术贡献。五十、概念化了这份手稿的想法，并监督了这项研究。Y、 L.和N.S.计划并设计了这些实验。N、在K.D.的帮助下，美国进行并分析了所有分子和细胞生物学实验，包括蛋白质印迹，细胞分选，基因分型和显微镜检查。

B.K.T.T. and Y.S. contributed to the TNBC patient analysis and tissue samples. N.S. performed the tumour xenograft studies, while S.M.T. contributed the Rag−/− IL2γ−/− BALB/c model and technical expertise. N.S. performed the computational analyses and data visualisation, with input from J.M.C. in the RNA-seq, ATAC-seq and HiChIP analyses.

B、 K.T.T.和Y.S.为TNBC患者分析和组织样本做出了贡献。N、 S.进行了肿瘤异种移植研究，而S.M.T.贡献了Rag-/-IL2γ-/-BALB/c模型和技术专业知识。N、美国进行了计算分析和数据可视化，J.M.C.在RNA-seq，ATAC-seq和HiChIP分析中提供了输入。

N.S. and Y.L. co-wrote the manuscript, with input from J.M.C., K.D., and Y.S.Corresponding authorCorrespondence to.

N、 S.和Y.L.共同撰写了手稿，J.M.C.，K.D。和Y.S.相应的作者回复。

Yinghui Li.Ethics declarations

李英辉。道德宣言

Competing interests

相互竞争的利益

The authors declare no competing interests.

作者声明没有利益冲突。

Peer review

同行评审

Peer review information

同行评审信息

Nature Communications thanks Igor Bado, Luca Magnani, and the other, anonymous, reviewer for their contribution to the peer review of this work. A peer review file is available.

《自然通讯》感谢Igor Bado、Luca Magnani和另一位匿名审稿人对这项工作的同行评审所做的贡献。可以获得同行评审文件。

Additional informationPublisher’s note Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.Supplementary informationSupplementary InformationPeer Review FileSource dataSource dataRights and permissions

Additional informationPublisher的注释Springer Nature在已发布的地图和机构隶属关系中的管辖权主张方面保持中立。补充信息补充信息同行评审文件源数据源数据权限

Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons licence, and indicate if changes were made.

开放获取本文是根据知识共享署名4.0国际许可证授权的，该许可证允许以任何媒体或格式使用，共享，改编，分发和复制，只要您对原始作者和来源给予适当的信任，提供知识共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。

The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons licence, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons licence and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder.

To view a copy of this licence, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/..

要查看此许可证的副本，请访问http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/..

Reprints and permissionsAbout this articleCite this articleSim, N., Carter, JM., Deka, K. et al. TWEAK/Fn14 signalling driven super-enhancer reprogramming promotes pro-metastatic metabolic rewiring in triple-negative breast cancer.

转载和许可本文引用本文Sim，N.，Carter，JM。，Deka，K。等人。TWEAK/Fn14信号驱动的超增强子重编程促进三阴性乳腺癌中的促转移代谢重新连接。

Nat Commun 15, 5638 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-50071-zDownload citationReceived: 28 July 2023Accepted: 27 June 2024Published: 05 July 2024DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-024-50071-zShare this articleAnyone you share the following link with will be able to read this content:Get shareable linkSorry, a shareable link is not currently available for this article.Copy to clipboard.

《国家公社》155638（2024）。https://doi.org/10.1038/s41467-024-50071-zDownload引文接收日期：2023年7月28日接收日期：2024年6月27日发布日期：2024年7月5日OI：https://doi.org/10.1038/s41467-024-50071-zShare本文与您共享以下链接的任何人都可以阅读此内容：获取可共享链接对不起，本文目前没有可共享的链接。复制到剪贴板。

Provided by the Springer Nature SharedIt content-sharing initiative

由Springer Nature SharedIt内容共享计划提供

CommentsBy submitting a comment you agree to abide by our Terms and Community Guidelines. If you find something abusive or that does not comply with our terms or guidelines please flag it as inappropriate.

评论通过提交评论，您同意遵守我们的条款和社区指南。如果您发现有虐待行为或不符合我们的条款或准则，请将其标记为不合适。

全球产业链接平台

重庆市渝北区金星科技大厦A区5楼512室

联系电话：023-67139735（重庆）

关于我们

产品服务