陈东升/马瑜婷/王向东等合作构建跨物种多维脑图谱平台scBrainScope，覆盖135个物种、1.187亿个细胞

2025年11月21日获悉，中国医学科学院系统医学研究院/苏州系统医学研究所陈东升、Huang li、马瑜婷及复旦大学附属中山医院王向东团队合作，开发了一个综合性、交互式脑图谱平台scBrainScop，用于多维脑转录组数据分析。该平台整合了来自135个物种的单细胞转录组数据，涵盖433个脑区、198个发育阶段、100种神经系统疾病；同时纳入了来自275个物种的737个bulk RNA-seq数据集，以及1154个涵盖大脑、脊髓与胚胎组织的ST数据集。scBrainScope包含六大图谱模块（AtlasScope、RegionScope、TissueScope、SpaceScope、PathoScope、AgeScope）与三大分析模块（sPandora、ePandora、cPandora），支持研究人员从多尺度、多维度探究细胞身份、基因程序及空间组织规律。与现有脑部相关数据库相比，scBrainScope在多个维度上均展现出更优异的数据覆盖度。该平台能够解决跨物种差异、细胞异质性、复杂脑解剖结构以及健康与疾病状态下动态时空信号传导等多项研究难题。scBrainScope目前涵盖了规模最大的脑多组学数据集，可从物种、解剖结构、发育进程及病理状态等视角，对细胞比例动态变化、基因集评分及基因表达模式进行整合分析。