longcallR:面向长读长RNA测序的SNP检测、单倍型定相与等位基因特异性分析一体化方法

长读长RNA测序技术因其能够捕获全长转录本和解析复杂转录组特征而备受关注，但其在SNP识别方面仍面临诸多挑战。为解决这些问题，丹娜-法伯癌症研究所和哈佛大学医学院李恒团队开发了longcallR，这是一种面向长读长RNA测序数据的分析工具，集成了SNP检测、单倍型定相和等位基因特异性分析功能。该工具通过三个核心模块实现：首先，利用深度卷积神经网络对候选SNP位点进行建模；其次，通过概率模型优化SNP筛选与单倍型分相；最后，在分相结果基础上识别等位基因特异性表达（ASE）和等位基因特异性剪接（ASJs）。实验结果显示，longcallR在多个数据集上表现出稳定的性能，特别是在PacBio数据上的GIAB基准样本中表现尤为突出。这项研究发表于2026年3月30日的《Nature Methods》期刊上，为解析遗传变异与疾病之间的关系提供了重要支持。