Advanced Science：刘毓文/赵云翔课题组开发基因型填充框架实现单个动物囊胚细胞SNP分型

2025-03-03 测序中国 等1家媒体报道 科研进展

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中国农业科学院深圳农业基因组研究所刘毓文课题组与广西大学赵云翔课题组合作开发了一种全新的基因型填充计算框架DPImpute，该框架能够显著提高超低覆盖度全基因组测序（ulcWGS）条件下基因型填充的准确性。DPImpute采用两步基因型填充方法，首先利用高准确度测序样本的参考群体基因型数据构建单倍型并填充测试样本的SNP，然后通过Beagle对参考面板进行进一步优化。这一技术不仅大大降低了测序成本，还首次实现了对单个动物囊胚细胞（杜洛克猪）进行千万级别全基因组SNP的准确分型，并成功预测了囊胚的经济性状，如瘦肉率、背膘厚度和眼肌面积等。该研究为胚胎基因组选择提供了重要的技术支持，提高了应用场景的灵活性，推动了基因组育种技术的发展。研究成果于2月27日发表在国际知名期刊《先进科学》上。（摘要由动脉网AI生成）