《Nat Methods》：李明瑶团队发表空间转录组数据分析的新算法SpaGCN，可检测出具有空间表达模式的SVG

2021-12-22 测序中国 等1家媒体报道 科研进展





打开微信“扫一扫”
点击右上角分享按钮

近日，美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院生物统计系李明瑶教授课题组在《Nature Methods》期刊在线发表了文章，提出了空间转录组数据分析的新算法SpaGCN。SpaGCN首先构建表示数据空间依赖性的无向加权图，再将基因表达、空间位置和组织学进行整合来识别空间域。此外，SpaGCN还可以检测每个空间域丰富的SVG，通过将搜索空间限制在空间域上，以保证检测到的SVG都具有空间表达模式。SpaGCN适用于分析多种类型的SRT数据，包括ST、10x Visium、SLIDE-seqV2等。