Nat Methods浙江大学阮一骏团队报告了一种用于同时绘制染色质可及性、染色质相互作用和RNA表达的单细胞方法

2025-05-01 iNature 等1家媒体报道 科研进展

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浙江大学阮一骏团队在《Nature Methods》上发表了一种名为ChAIR的单细胞方法，该方法能够同时绘制染色质可及性、染色质相互作用和RNA表达。通过在培养细胞中验证后，ChAIR被应用于整个小鼠大脑，揭示了成熟和衰老过程中表观基因组、三维(3D)基因组和转录组的协同动力学。研究发现，以基因为中心的染色质相互作用和开放的染色质状态提供了细胞类型特异性转录的三维表观基因组机制，并展示了空间分辨的特异性。此外，单个细胞中的短程和超长染色质接触与转录活性、开放染色质状态和基因组折叠密度显著相关。这些特性在整个生命周期的不同解剖区域的神经元和非神经元细胞中表现出差异，表明不同的核机械基因组机制在脑细胞中起作用。ChAIR技术为复杂组织中细胞类型特异性转录的单细胞3D表观基因组状态提供了稳健的支持，克服了现有单细胞多组学方法的一些限制，如无法捕获染色质连接或难以绘制增强子-启动子相互作用图的问题。这项研究推进了对三维基因组、表观基因组和转录组及其复杂相互作用的理解。（摘要由动脉网AI生成）