《Genome Biology》：邵振/涂世奇团队发表基于ChIP/ATAC-seq识别基因组超变区域的算法模型HyperChIP

2022-03-23 测序中国 等1家媒体报道 科研进展

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近日，中国科学院上海营养与健康研究所邵振、涂世奇课题组在《Genome Biology》上发表了研究文章。该文章提出了一种针对ChIP/ATAC-seq数据中高变基因信号分析的统计学模型HyperChIP。该模型可以对多个ChIP/ATAC-seq样本间信号强度差异进行统计建模，识别出高变基因信号的基因组区域（HVRs）。在诠释HVR的生物学意义和剖析样本间的相似性结构后，研究团队利用该方法识别出癌症亚型或调控进程、胚胎发育阶段和不同人种群的遗传背景等信息。结果显示，该方法的样本间异质性分析能力优于常见的经验指标，并提升了HyperChIP对HVGs的识别效果。