Genome Biol：spVelo-为空间转录组数据中的RNA速度准确推断提供了可能

2025-08-28 BioArtMED 等2家媒体报道 科研进展

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文章介绍了spVelo，这是一种用于多批次空间转录组数据中RNA速度估计的新方法。传统RNA速度估计方法主要基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，但这些数据缺乏空间信息。spVelo结合了变分自编码器（VAE）和图注意力网络（GAT），通过在不同批次的潜在空间之间添加最大均方差（MMD）惩罚项，实现了对多批次空间转录组数据中的RNA速度的准确推断。实验验证表明，spVelo在小鼠胰腺数据和口腔鳞状细胞癌（OSCC）数据上的表现优于现有方法，并且能够有效校正批次效应，量化潜在状态的不确定性。该方法为理解细胞动态过程提供了新的工具，具有重要的应用前景。（摘要由动脉网AI生成）