上海交大：从高通量评估到湿实验验证的酶工程新范式

2025-07-16 合成生物 等3家媒体报道 科研进展

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上海交通大学联合华东理工大学和上海人工智能实验室开发了VENusREM，一种整合序列、结构和进化信息的检索增强模型，用于预测酶工程中的突变效应。该模型通过BERT风格预训练和跨模态注意力机制，在217个ProteinGym基准测试中实现了SOTA性能（Spearman's ρ=0.518），并在VHH抗体稳定性和phi29 DNA聚合酶热稳定性改造中验证了其可靠性。VENusREM通过2048维结构密码本离散化局部构象，采用解耦多头注意力机制融合序列与结构特征，并结合Jackhmmer检索的同源序列计算进化对数，实现多模态融合。实验验证表明，VENusREM在蛋白质工程中提供了可解释的多模态计算框架，为合成生物学和工业酶应用提供了新的范式。研究成果发表于《Bioinformatics》。（摘要由动脉网AI生成）