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圆桌研讨|基于DNA的成像和空间组学:前沿、应用与挑战

作者: 动脉网 2022-11-28 18:20
活动背景


更高分辨率、更便捷、信息维度更丰富的成像技术一直是推动生命科学研究的重要力量。哈佛大学尹鹏教授的团队研发了多项DNA纳米成像技术,其中2019年发表于Nature Biotechnology的DNA-PAINT (DNA-Based Point Accumulation for Imaging in Nanoscale Topography) 技术主要依赖两条互补寡核苷酸链的瞬时结合,一条DNA链结合待成像的靶标分子,一条DNA链结合荧光染料,从而实现纳米级别分辨率上可视化以及定量化DNA相关的分子,为进一步地解析细胞内结构提供了新的策略。该分子定位超分辨显微成像技术可以对生物样品进行三维超分辨率成像,且具有高通量、速度快和成本低的优点,自诞生以来,被广泛地应用到多种组织和疾病中的大规模蛋白质图谱研究和生物标志物发现的工作中。三年来,团队基于DNA-PAINT将DNA 纳米成像与测序结合,开发了Proximity-PAINT、Light-seq等等新技术,在液体活检、空间成像和蛋白分析领域均有突出应用。


DNA纳米技术在分子成像领域和空间组学领域的前沿成果如何?性能提升上又有什么限制和挑战?具备哪些应用潜力待开发?本次圆桌研讨会,我们有幸邀请哈佛大学尹鹏教授和国内浙江大学、北京大学的百人/杰青科学家来分享领域最新进展和他们对这些问题的观点以及宏观发展趋势的解读。 


嘉宾介绍


主讲人 | 哈佛大学 尹鹏教授


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哈佛大学医学院 系统生物学系

● Ph.D.in Computer Science, Duke Univ., 2005

● M.S. in Molecular Cancer Biology, Duke Univ., 2000

● B.S. in Biochemistry and Molecular Biology, Peking Univ., 1998

● B.S. in Economics, Peking Univ., 1998


尹教授的研究兴趣为可编程的分子系统和技术,特别是由DNA、RNA等信息分子组成的可编程分子系统、结构和设备的自组装及其应用。尹教授团队已开发通用框架,实现将DNA/RNA链编程为特定的几何结构或动力学特征,并通过将这些纳米结构与荧光团、蛋白质、无机物、活细胞等功能体连接实现其应用,例如制造特定的无机纳米颗粒,DNA/RNA探针,基于RNA的合成调节器,以及基于DNA-PAINT的高度复用、精确定量(90%以上)、超高分辨率(5纳米)成像。


基于团队在利用DNA纳米技术驱动的条形码和信号放大技术方面的进展,尹教授入选人类生物分子图谱项目(Human BioMolecular Atlas Program,HuBMAP)和人类细胞图谱项目(Human Cell Atlas Project)获奖者,同时也是哈佛威斯研究所(Wyss Institute) Molecular Robotics Initiative 的联合负责人。


尹教授在科研成果转化方面也有着突出表现,作为联合创始人创立了多家生物技术公司,其中包括早期分子诊断公司格微基因(NuProbe)和通过组织标记物识别和生物数量定量研究辅助疾病诊断和治疗的Ultivue,并获得了红杉中国、Arch Captial等众多国内外一线投资机构的投资和支持。


Yin Lab相关研究成果:


DNA- PAINT for super resolution imaging (1), DNA-Exchange for rapid high multiplexing (1, 2), SABER for high-plex in situ signal amplification and scalable tissue imaging (3, 4), LightSeq for spatially prescribed sequencing (5), and DNA nanoscope for imaging by sequencing (5, 6)


(1)  Multiplexed 3D cellular super-resolution imaging with DNA-PAINT and Exchange-PAINT

(2)  Rapid sequential in situ multiplexing with DNA-Exchange-Imaging in Neuronal Cells and Tissues

(3)  SABER amplifies FISH: enhanced multiplexed imaging of RNA and DNA in cells and tissues

(4)  Immuno-SABER enables highly multiplexed and amplified protein imaging in tissues

(5)  Light-Seq: Light-directed in situ barcoding of biomolecules in fixed cells and tissues for spatially indexed sequencing

(6)  A DNA nanoscope via auto-cycling proximity recording

(7)  A DNA nanoscope that identifies and precisely localizes over a hundred unique molecular features with nanometer accuracy


更多成果参见:yin.hms.harvard.edu/publications.html


圆桌主持人 | 浙江大学 周如鸿教授


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浙江大学上海高等研究院 浙江大学生命科学学院 院长


周教授任科技部十四五“生物大分子与微生物”专家组成员,国家海外高层次特聘专家,浙江省鲲鹏行动计划专家。周教授毕业于哥伦比亚大学化学系,长期从事计算生物学、生物物理、生物化学与人工智能+等交叉学科的研究,研究方向为蛋白质设计、纳米药物设计、肿瘤免疫机制等。近年来,周教授的研究兴趣集中在肿瘤免疫药物、免疫机制及疫苗开发、分子动力学软件开发等领域。


圆桌嘉宾 | 浙江大学 冯建东


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浙江大学化学系 物理生物学与精准测量实验室

研究员、PI


冯博士毕业于瑞士洛桑联邦理工学院,2018年入选国家级高层次人才计划青年项目,加入浙江大学。


冯博士的研究领域为单分子测量方法和科学仪器的开发及应用,致力于发展多维度的测量手段实现溶液体系单分子物理和化学过程的观测、现象研究和应用建立,先后开展单分子测量、操纵和成像研究。


圆桌嘉宾 | 北京大学 孙伟


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北京大学电子学院 物理电子学研究所

特聘研究员、PI


孙博士是国家杰出青年获得者,毕业于北京大学化学与分子工程学院,随后在哈佛大学从事博士后研究。2017年加入北京大学。孙博士长期从事小尺寸自组装电子器件、生物电子器件等方向的研究工作。发展了以核酸介导组装为代表的精准自组装方法,实现了小尺寸电子器件的大面积、可编程制造。


活动时间及流程


一、活动时间

美东时间 12月03日 下午09:00-10:30 pm

美西时间 12月03日 下午06:00-07:30 pm

北京时间 12月04日 上午10:00-11:30 am


二、活动流程

Part.1

基于DNA的成像和空间组学术讲座 (25min)

尹鹏教授:Engineer DNA probes to advance bioimaging

Part.2

圆桌研讨DNA成像前沿 (45min)

● 基于DNA的成像技术跟其他基于光学的成像技术相比的优势和局限是什么,最适合的生物研究的应用领域有哪些?

● 目前的显微成像技术有哪些性能可以进一步提升提高?此类技术商业化的成熟度、应用场景如何?

● 在博士,博后阶段如何广泛涉猎多领域知识,在独立PI阶段如何跨学科合作?以及科学家创业是否有什么经验或者教训?

Part.3

Q&A (20min)

小伙伴们喜闻乐见的闭门讨论环节,快来与各位学术大牛们开麦交流吧~


三、参与方式

会议采用ZOOM线上会议,会议链接内置在问卷中


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